水污染防治政策的最終目標是維護地表水體健康，即恢復和維持水體的化學、物理和生物方面的完整性和特性，中間目標是入河污染物排放得到控制，直接目標是點源和非點源的排放得到控制。
我國《環境保護法》和《水污染防治法》均明確了“保護和改善環境”的原則和目標。但水污染防治政策與管理依然存在諸多問題，主要是有些地方沒有抓住重點，也不專業：點源排放控制目標沒有確保所排入水體的水質達標;沒有對污水處理廠的來水進行限制，導致其排放無法達標;非點源排放控制沒有實施最佳管理實踐，而是采取關廠、停產、禁止等行政管制措施。
對點源實施排污許可證管理
排污許可證制度是點源排放控制的基礎和核心制度。由于排污許可證的內容包含了點源排放控制的所有法規規定，因此，政府管理部門可以排污許可證作為執法文書，將所有排放要求及標準都明確寫在排污許可證中。點源按照規模可以分為大點源和小點源，規模大小的劃分界限不是絕對的，是相對于既定的污染源管理能力而定的。例如，按照污染物的排放量確定大點源，工商業大點源的排污許可證由省環保廳直接負責，市環保局負責小點源的簡易許可證，生態環境部保留許可證最終管理權和監測核查的權利。一旦出現違證情況，可依法對違證企業進行處罰，直至制止違法行為。當前，對許可證的頒發和管理規定尚不清晰，已頒發的排污許可證也并未對點源的所有規定整合在一起，管理文件分散，降低了排污單位系統學習和落實排污許可證要求的效果。
排放限值是排污許可證的核心內容，一般區分為基于技術的排放限值和基于地表水質的排放限值，基于技術的排放限值由國家統一制定，是該類別企業的最低排放要求。但由于基于技術的排放限值沒有考慮具體的水體特征，因此，無法確保點源所排入水體的地表水質達標，基于地表水質的排放限值就成為解決該問題的有效補充手段。
點源在向天然水體排放污水時會在排口附近形成高濃度污染物區域，即有限混合區，為保證地表水質達標，可根據地表水質標準和流域水體特征計算水生生物在河流中存活的區域，并由此計算污染物基于地表水質標準的排放限值。當前我國水污染物排放標準僅考慮了經濟、技術可行性，僅有污染物排放標準(技術標準)，法律法規中尚沒有基于地表水質排放限值和有限混合區的相關概念，使得現有的點源排放標準與所排入水體的地表水質標準脫鉤，致使某些情況下，即使點源達標排放，也無法保證所排入水體的地表水質達標。此外，目前對于水質達標控制的管理目標沒有具體到點源減排目標，對點源具體控制措施或減排目標的設定也沒有提出減排要求，難以在點源排污許可證中落實地表水質達標的目標。因此，點源排污許可的核心作用沒有得到很好的體現。
因此，我國水污染防治工作應加快實施和完善點源排污許可證，并在地表水質達標管理中，以流域為管理單元，科學制定點源排放混合區劃定原則，按照有限混合區的理念制定基于地表水質的排放限值，明確點源減排目標及污染控制措施，將點源排放控制與地表水質改善結合起來，落實到流域3年地表水質達標方案中，并通過點源排污許可證予以實施。
對于市政點源，主要是城市生活污水處理廠，除需要執行點源排污許可證外，還需要對排入城市污水處理廠的工商業點源執行預處理制度。工商業廢水中會有各種城市生活污水處理廠不能處理、難以處理或導致失效的污染物，必須通過預處理排放標準對其實施控制，確保城市污水處理廠安全、穩定和有效運行。我國至今還沒有一個專門和有效的預處理制度，需盡快實施，且實施也基本不存在技術難度。
對非點源實施排放控制
一般認為，非點源污染具有以下特征：分散于較廣的區域內，排放的污染物最終以分散的方式進入地表水或地下水;污染程度與不可控的氣候變化及地理、地質條件有關，并且在不同地點、不同年份有很大的不同;與點源污染相比，進行監測的難度往往更大，費用更高;治理的重點在于管理土地和地表徑流，而不是流失物。
目前，我國針對非點源的普遍做法是采取直接關廠、停產、禁止等行政手段，這種辦法不僅低效，且容易對社會經濟產生副作用。國內對非點源污染控制領域開展的政策研究較少，也沒有切實有效的政策法規，少數相關規定分散在其他法律中，針對性不強，強制性不夠，缺乏完整系統的具體技術和經濟措施。
治理非點源污染應主要通過在非點源污染產生的過程中規范和約束排污者的生產行為。例如對于農業非點源排放管理的思路就是加強源頭和過程控制，減少非點源污染物進入天然水體的量。一方面是對水土流失進行防治，切斷營養物質進入水體的通道;另一方面就是從源頭上防止污染的產生，即通過流域中種植業生產方式的調整，減少氮肥、磷肥以及農藥的施用量，提高作物對氮、磷元素的吸收利用程度等。
這種思路強調的是管理的行動辦法，而非監測等對已排放污染物的要求。我國需盡快編制非點源最佳管理實踐指導手冊，形成最佳管理實踐的非點源控制制度，深化非點源源頭和過程控制理念，制定管理措施，提高非點源管理效果。
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