根據山西省財政廳與省環保廳共同修訂的《關于完善地表水跨界斷面水質考核生態補償機制的通知》，山西省財政將對省環保廳考核的水質斷面不達標的市（縣）扣繳生態補償金、水質改善明顯的市（縣）進行獎勵，以此促進全省水環境質量持續改善。
對水質不達標的市（縣）扣繳生態補償金。考核斷面的化學需氧量、氨氮監測濃度均不超過考核標準，不扣繳生態補償金；超過考核標準50%及以下、50%至100%（含）、超過1倍至5倍（含）、超過5倍至10倍（含）、超過10倍以上的，分50萬元—300萬元五檔扣繳生態補償金。同一市（縣）范圍內，所有考核斷面生態補償金按月累計扣繳。
對水質達標或改善的給予生態補償獎勵。在無入境河流時所考核斷面COD、氨氮的實測濃度值與考核目標相比保持或改善的斷面給予獎勵。保持水質目標獎勵：連續三月水質保持考核目標的，獎勵10萬元；全年水質保持考核目標的獎勵100萬元。水質改善獎勵：當月比上年同期實現水質改善時給予獎勵，由不達標到達標獎勵100萬元、達標后跨級別獎勵50萬元、三類水以上跨一級別獎勵20萬元，同一斷面累計獎勵。
生態補償金的扣繳程序：省環保廳負責核定各斷面每月水質和扣繳補償金數額或獎勵資金數額，年終由省環保廳督促有關市和擴權強縣試點縣上繳生態補償金，仍不能上解的，由省財政年終結算時統一扣繳。
山西財政下達的獎勵資金和扣繳的生態補償金全部用于跨流域水污染綜合整治，考核斷面水質監測補助、考核斷面水質自動監測站建設和運行補助。
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